L’EID Mediterranée a pour mission centrale le contrôle de la population des espèces nuisantes de moustiques proliférant dans les zones humides marginales des étangs et lagunes du littoral. Ce contrôle consiste, non pas à éradiquer l’ensemble des insectes piqueurs, mais à maintenir la gêne due aux moustiques à un seuil jugé tolérable, avec un impact environnemental minimum et dans un cadre budgétaire maîtrisé.
Afin de mener à bien cette mission, l’EID Mediterranée possède 2 laboratoires de niveaux de confinement différents : le laboratoire dit conventionnel est de niveau 1 et le laboratoire dit de confinement est de niveau 2.